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three.jsを利用して３Dモデルのピッキングを実装しました。
下記はプログラムの一部です。

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        .on("mousemove", containerId, function(e){
          e.preventDefault();
          var rect = e.target.getBoundingClientRect();
          ns.mouse.x =   ( (e.clientX - rect.left) / ns.width ) * 2 - 1;
          ns.mouse.y = - ( (e.clientY - rect.top) / ns.height ) * 2 + 1;
        })

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    picking : function() {
      ns.raycaster.setFromCamera( ns.mouse, ns.camera );

      var intersects = ns.raycaster.intersectObjects( ns.models.children, true );
     if (!!ns.status.picked) {
        ns.fn._picking.setColor(ns.status.SELECTED);
      }

      if ( intersects.length > 0 ) {
        ns.vmarker = intersects[ 0 ].point;
        if ( ns.status.INTERSECTED != intersects[ 0 ].object.parent ) {
          if ( !ns.status.SELECTED || (ns.status.SELECTED && ns.status.SELECTED != ns.status.INTERSECTED) ) {
            ns.fn._picking.setColor(ns.status.INTERSECTED);
          }

          ns.status.INTERSECTED = intersects[ 0 ].object.parent;
          if (!ns.status.picked && ns.status.INTERSECTED != ns.status.SELECTED) {
            ns.fn._picking.setColor(ns.status.INTERSECTED,0x0000ff);
          }
        }
        if (!!ns.status.picked) {
          ns.fn._picking.select(ns.status.INTERSECTED);
        }

      } else {
        ns.vmarker = null;
        if ( !ns.status.SELECTED || (ns.status.SELECTED && ns.status.SELECTED != ns.status.INTERSECTED) ) {
          ns.fn._picking.setColor(ns.status.INTERSECTED);
        }
        ns.status.INTERSECTED = null;
        if (!!ns.status.picked) {
          ns.fn._picking.select(null);
        }

      }
      ns.status.picked = false;
    },

ただ、この実装では非常に大きいモデルの場合、実際のマウス位置と３D空間上のマウス位置で誤差が生じてしまい、期待した動作となりません。
次回以降、原因を考察していきたいと思います。
・そもそも、実装が間違っている？
・mousemoveイベントでの計算値の誤差
・three.js、raycaster等のバグ？